Baalei Mishna vs Baalei Gemora

There are many places in the gemore where baalei Mishna are contrasted to Baali Gemorah. Why?

תלמוד בבלי מסכת בבא מציעא דף לג עמוד ב

דרש רבי יהודה ברבי אלעאי: מאי דכתיב שמעו דבר ה' החרדים אל דברו - אלו תלמידי חכמים, [אמרו] אחיכם - אלו בעלי מקרא, שונאיכם - אלו בעלי משנה, מנדיכם - אלו עמי הארץ. שמא תאמר פסק סברם ובטל סיכוים - תלמוד לומר ונראה בשמחתכם. שמא תאמר ישראל יבושו - תלמוד לומר והם יבשו - נכרים יבושו וישראל ישמחו. הדרן עלך אלו מציאות. 

רש"י מסכת בבא מציעא דף לג עמוד ב

אלו תלמידי חכמים - ששימשו חכמים הרבה ללמדם טעמי משנתם, זה בזו וזה בזו, שאין הכל בקיאין בשוין.

שנאיכם אלו בעלי משנה - ששונאין בעלי תלמוד, לפי שבעלי תלמוד אומרים על בעלי משנה שהן מבלי עולם, כדאמרינן במסכת סוטה (כב, א): התנאים מבלי עולם, שמורים הלכה מתוך משנתם.

מנדיכם אלו עמי הארץ - שתלמידי חכמים שנואין ומתועבין להן כנדה.

שמא תאמר אבד סברם - של אלו - שהרי כתיב למען שמי יכבד ה' דמשמע שהם אומרים, אבל אין הדבר כן.

תלמוד לומר ונראה בשמחתכם - ולא נאמר ואראה בשמחתכם, כך אמר הנביא: אני ואחיכם שונאיכם ומנדיכם - כולנו נראה בשמחתכם.

תלמוד בבלי מסכת בבא בתרא דף ח עמוד א

רבי פתח אוצרות בשני בצורת, אמר: יכנסו בעלי מקרא, בעלי משנה, בעלי גמרא, בעלי הלכה, בעלי הגדה, אבל עמי הארץ אל יכנסו.     

נמוקי יוסף מסכת בבא מציעא דף יח עמוד א

גרסינן בגמ' ת"ר העוסק במקרא בלבד מדה ואינה מדה במשנה מדה שנותנין עליה שכר בתלמוד אין לך מדה גדולה מזו. [דף לג ב] מאי דרוש כדדריש רבי יהודה בר' אלעי מאי דכתיב והגד לעמי פשעם ולבית יעקב חטאתם [הגד לעמי פשעם] אלו תלמידי חכמים שאפילו שגגות נעשו להם זדונות ולבית יעקב חטאתם אלו עמי הארץ שאפילו זדונות נעשות להם שגגות והיינו דתנן רבי יהודה אומר הוי זהיר בתלמוד ששגגת תלמוד עולה זדון דרש רבי יהודה בר' אלעאי מאי דכתיב שמעו דבר ה' החרדים אל דברו וכו' אלו תלמידי חכמים אחיכם אלו בעלי מקרא שונאיכם אלו בעלי משנה מנדיכם אלו עמי הארץ ושמא תאמר אבד סברם ובטל סיכויין ת"ל ונראה בשמחתכם והם יבושו עובדי כוכבים יבושו ולא ישראל יבושו אלא ישראל ישמחו. פירוש מדה ואינה מדה מדה היא קצת ואינה מדה שהמשנה והתלמוד יפין ממנה:

Sanhdrein (100b) Rabbi Zeira says that Rav says: What is the meaning of that which is written: “All the days of the poor are terrible, and for the good-hearted it is always a feast” (Proverbs 15:15)? “All the days of the poor are terrible”; these are masters of the Talmud, who invest constant effort in their study and encounter endless difficulties and questions. “And for the good-hearted it is always a feast”; these are masters of the Mishna, who study only halakhic conclusions and encounter no difficulties.

Bava Metzia (33b) It was during the era of Rabbi Yehuda HaNasi that the beginning of this baraita extolling the study of Talmud was taught. The result was that everyone abandoned study of the Mishna and pursued the study of the Talmud. It was then that Rabbi Yehuda HaNasi taught them: And always pursue study of the Mishna more than study of the Talmud, as without a firm basis in the fundamental halakhot of the Mishna, talmudic discourse is futile. On the basis of what homiletic interpretation did the tanna state that there is no virtue greater than the study of Talmud? It is just as Rabbi Yehuda, son of Rabbi Elai, interpreted homiletically: What is the meaning of that which is written: “Cry aloud, spare not, lift up your voice like a horn, and declare to My people their transgression and to the house of Jacob their sins” (Isaiah 58:1)?....Rabbi Yehuda, son of Rabbi Elai, interpreted a verse homiletically. What is the meaning of that which is written: “Hear the word of the Lord, you who tremble at His word: Your brothers that hate you, that ostracize you for My name’s sake, have said: Let the Lord be glorified, that we may gaze upon your joy, but they shall be ashamed” (Isaiah 66:5)? “Hear the word of the Lord, you who tremble at His word,” these are Torah scholars; “your brothers…have said,” these are masters of the Bible, who are aware of their shortcomings and treat the Torah scholars with deference; “that hate you,” these are masters of Mishna, who consider themselves the equals of Torah scholars and resent the fact that the Torah scholars do not treat them as equals; “that ostracize you,” these are ignoramuses, who distance themselves with their actions from the Torah scholars.

It seems that there were different views as to what was the best way to study Torah - memorizing everything and relying on Tradition for halacha versus relying on ones own reasoning of the texts. This is similar to the analysis of Rav Chaim Soloveitchik. However I can't find anyone directly saying this. Sources?